В местността Кременик се намира праисторическо селище, където са открити много археологически находки, доказващи, че там животът не е прекъсвал от ранния през средния и късния неолит.
Първите обитатели на праисторическото селище са дошли от долината на Струма и са носители на една от най-древните цивилизации в Европа.
Най-старото известно име на града Германея (варианти Гермае и Германос), който се е намирал на територията на днешния град Сапарева баня, се обяснява чрез езика на траките, в който коренът „герм-“ означава „горещ“ (съответства на гръцкото therm-os, английското и немското warm).
Според езиковедите името е било свързано с намиращите се тук горещи минерални извори. Други предполагат, че Герман е бил тракийски бог на топлината и привеждат примери от народната митология, където Герман е бог на светкавиците и гръмотевиците.
При археологически разкопки в района на Сапарева баня са открити много паметници от тракийската древност, които свидетелстват, че траките са оценили рано лечебните качества на бликащите тук минерални води и са ги използвали за лечебни цели.
Тракийското име на селището оцелява непроменено много векове, като днес го носи река Джерман. През III в. Германия е известна вече като град и става един от важните центрове на провинция Вътрешна Дакия.
До 1943 година името на селото е Горна баня. В 1955 година към Сапарева баня е присъединено селото от източната страна на Джерман Гюргево (бившето Мацакурово).
В 1974 година към Сапарева баня е присъединено и село Сапарево и селището е обявено за град. В 1986 година Сапарево отново е отделено в самостоятелно селище.
